Kustićeva karijera od samih je početaka vezana za nogomet - kao nogometaš uspješno je nastupao za NK Novalju u 2. i 3. Hrvatskoj nogometnoj ligi, a nakon igračke karijere obavljao je dužnost direktora istog kluba.
Nogometnu dužnosničku karijeru nastavio je razvijati na regionalnoj, a potom i nacionalnoj razini. Predsjednik je Županijskog nogometnog saveza Ličko-senjskog, kao i Međužupanijskog nogometnog odbora Nogometnog središta Rijeka. Skupština HNS-a izabrala ga je 2014. godine za članstvo u Izvršnom odboru HNS-a, a potom i za dopredsjednika Saveza.
Od siječnja 2018. godine obnašao je dužnost HNS-ovog direktora natjecanja i infrastrukture, a u njegovom mandatu uspješno je okončan najveći infrastrukturni projekt HNS-a u povijesti - rekonstrukcija pet travnjaka na prvoligaškim stadionima u Puli, Koprivnici, Zaprešiću i Zagrebu (Kranjčevićeva i Maksimir).
Od travnja 2019. godine, Kustić je obnašao funkciju izvršnog direktora HNS-a. Nakon imenovanja na funkciju izvršnog direktora, Kustić je napustio mjesto zastupnika u 9. sazivu Hrvatskog sabora gdje mu je mandat počeo u lipnju 2017. godine.
29. srpnja 2021. godine, na izbornoj sjednici Skupštine HNS-a, Kustić je jednoglasno izabran za novog predsjednika Hrvatskog nogometnog saveza, nakon što su njegovu kandidaturu podržali svi županijski nogometni savezi.
Kustić je nakon završenog preddiplomskog stručnog studija "Financije i pravo" na visokoj školi Effectus stekao stručni naziv stručnog prvostupnika ekonomije, da bi 2022. godine uspješno završio specijalistički diplomski stručni studij "Poslovno upravljanje - MBA" i tako stekao naziv stručni specijalist poslovnog upravljanja.
Marijan Kustić nositelj je odlikovanja Reda Danice hrvatske s likom Franje Bučara koje mu je uručila predsjednica Republike Hrvatske Kolinda Grabar-Kitarović za doprinos iznimnom uspjehu hrvatske nogometne reprezentacije na FIFA Svjetskom prvenstvu u Rusiji gdje je osvojena srebrna medalja.
